Les pneumonies bactériennes représentent un défi médical majeur et ce, malgré les avancées thérapeutiques considérables. Avec environ 500 000 cas traités annuellement en France, un tiers se solde malheureusement par un échec thérapeutique. Le projet Phenomenon, lancé à l'été 2023, se propose d'explorer une nouvelle approche en étudiant le microbiote respiratoire des patients pour améliorer les chances de guérison. Découvrez dès à présent ce qu’il en est…
Un nouvel espoir de guérir de la pneumonie grâce au microbiote respiratoire
Longtemps considéré comme stérile, le poumon est aujourd'hui reconnu pour abriter une communauté de bactéries commensales qui régulent notre réponse immunitaire.
Jean-François Timsit, cofondateur du projet Phenomenon, explique : « Nos recherches vont nous permettre de comprendre comment les perturbations du microbiote respiratoire conduisent à un échec thérapeutique lors des infections pulmonaires. »
Les scientifiques suspectent que la disparition ou l'altération de certaines bactéries bénéfiques, due à l'infection ou aux antibiotiques, pourrait déséquilibrer le microbiote pulmonaire et nuire à la guérison. Le projet Phenomenon vise à identifier ces modifications pour proposer de nouvelles pistes de traitement.
Identifier les bactéries clés pour la guérison de la pneumonie
Antoine Roquilly, chercheur à Nantes, a montré que la diminution de certaines bactéries était associée aux pneumonies sévères nécessitant une assistance respiratoire. Dans le cadre de Phenomenon, il souhaite approfondir ces travaux pour comprendre les fonctions métaboliques de ces bactéries et leur impact sur la santé des patients. En collaboration avec Jean-François Timsit, ils prélèvent des échantillons bactériens chez différents profils de patients, des pneumonies légères aux cas sévères nécessitant une réanimation.
Ces prélèvements permettront d'analyser la diversité, la richesse et les fonctions du microbiote respiratoire, en comparaison avec des sujets sains.
L'objectif est de déterminer quelles modifications du microbiote sont associées à un échec thérapeutique et comment ces altérations influencent le système immunitaire de l'hôte.
Vers de nouvelles stratégies thérapeutiques
Les résultats obtenus chez les patients seront ensuite validés chez l'animal. Les chercheurs espèrent ainsi identifier des espèces bactériennes ou des voies métaboliques importantes pour la guérison. Si la disparition d'une bactérie spécifique est identifiée comme néfaste, rétablir sa présence pourrait devenir une nouvelle approche thérapeutique.
Jean-François Timsit envisage même un futur où le microbiote respiratoire des patients serait testé avant l'initiation d'une antibiothérapie. Les patients à risque d'évolution défavorable pourraient recevoir des probiotiques par aérosol ou voie orale pour stabiliser leur microbiote. Cette approche préventive pourrait également bénéficier aux personnes à risque de pneumonie, comme les personnes âgées.
Les défis du résistome
Un autre aspect fondamental de ce projet est l'étude du résistome, c'est-à-dire l'ensemble des gènes de résistance aux antibiotiques présents dans le microbiote respiratoire. Étienne Ruppé, chercheur à l'unité Inserm Infection, antimicrobiens, modélisation, évolution (IAME), souligne que ces gènes peuvent être transférés aux bactéries pathogènes, les rendant résistantes aux traitements.
À partir des prélèvements des différentes cohortes, Étienne Ruppé caractérisera ces gènes de résistance et évaluera leur impact sur les chances de guérison des pneumonies. L'analyse du résistome pourrait ainsi conduire à l'identification de bactéries commensales dont le génome aide à maintenir la fonction pulmonaire lors des traitements. Ces bactéries pourraient être utilisées comme probiotiques pendant une antibiothérapie pour protéger les bactéries bénéfiques du microbiote respiratoire.
Conclusion
Le projet Phenomenon ouvre des perspectives prometteuses pour le traitement des pneumonies bactériennes. En explorant les interactions complexes du microbiote respiratoire, les chercheurs espèrent développer des stratégies thérapeutiques innovantes et améliorer significativement les taux de guérison. À terme, cette approche pourrait révolutionner la prise en charge des infections pulmonaires et réduire la mortalité liée aux pneumonies, qui représentent 60 % des décès par infection en France.
Jean-François Timsit et Étienne Ruppé sont chercheurs au sein de l'unité Infection, antimicrobiens, modélisation, évolution (IAME, unité 1137 Inserm/Université Paris-Cité/Université Sorbonne Paris Nord), Paris.
Antoine Roquilly codirige l’équipe Interactions hôte-pathogènes, inflammation et immunité muqueuse au Centre de recherche translationnelle en transplantation et immunologie (CR2TI, unité 1064 Inserm/Nantes Université), à Nantes.
Cet article est inspiré des recherches présentées dans le magazine de l'Inserm n°60 publié en mars 2024.
https://www.inserm.fr/actualite/pneumonie-de-bonnes-bacteries-pour-guerir-des-mauvaises/
Pneumonie : et si c’était le microbiote respiratoire?